Kalın kabuğu sebebiyle temizliği genellikle ihmal edilen karpuz, dış yüzeyinde barındırdığı zararlı mikroorganizmalar nedeniyle kesilmeden önce mutlaka doğru adımlarla temizlenmesi gereken bir meyvedir; aksi takdirde bıçak yardımıyla bu bakteriler doğrudan meyvenin etli kısmına bulaşabilir. Bu riski önlemek için karpuzu kesmeden önce akan soğuk su altında ovalayarak yıkamak ve ardından dış yüzeyini tamamen kurutmak güvenli bir tüketim sağlar.
Pek çok kişi karpuzun kalın kabuğunun içindeki meyveyi koruyan aşılmaz bir kalkan olduğunu düşünse de tarladan tezgaha uzanan süreçte ürün; toprak, taşıma araçları ve farklı ellerle temas ederek yüzeyinde toz, tarımsal kalıntı ve mikroorganizmalar biriktirir. Kabuğun yenmiyor olması temizlik gerektirmediği anlamına gelmediğinden, karpuzu mutfağa alır almaz bu geniş dış yüzeyin arındırılması gerektiğini kabul etmek güvenli tüketimin ilk adımıdır.
Karpuz yıkanmadan kesildiğinde asıl tehlike bıçağın dış kabuğa ilk temas ettiği anda başlar; çünkü aşağı doğru ilerleyen bıçak, kabuktaki tüm kir ve bakterileri doğrudan meyvenin sulu kırmızı etine taşıyarak çapraz bulaşmaya yol açar. Kendi elinizle dışarıdaki tozu ve mikropları yiyeceğiniz dilimlere bulaştırmamak için bıçağı vurmadan önce dış yüzeyi iyice temizlemek gerekir.
Karpuzu temizlemek için kimyasal ürünler kullanmak bu maddelerin kabuktan içeri sızma riski nedeniyle doğru değildir; bunun yerine ürünü akan soğuk su altında temiz bir fırça, sünger veya bezle dairesel hareketlerle ovalamak yeterlidir. Bu işlem kabuktaki girintilere tutunan toprak ve çamuru mekanik olarak söküp atarak tüm yüzeyin sudan geçmesini sağlar ve en güvenli hijyeni sunar.
Yıkandıktan hemen sonra ıslak halde kesim tahtasına alınan karpuz, hem bıçağın kayarak kazalara yol açmasına neden olabilir hem de yüzeyde kalan suyun dilimlere süzülmesine yol açar; bu yüzden meyve kesilmeden önce temiz bir havluyla tamamen kurulanmalıdır. Kurutulan ve dış yüzeyi pürüzsüz hale gelen karpuz artık güvenle dilimlenmeye hazır hale gelir ve sofralara hem sağlıklı hem de ferah bir lezzet sunar.